Universitas Hasanuddin merupakan salah satu perguruan tinggi yang mempunyai peranan strategis dalam pembangunan nasional khususnya pembangunan di kawasan Indonesia Timur Indonesia. Kawasan Timur Indonesia memiliki kekayaan perairan laut yang cukup besar karena memiliki wilayah laut yang lebih luas, terdiri dari gugusan pulau-pulau, menyimpan kekayaan biodiversity laut yang tinggi, serta masyarakatnya dikenal mempunyai kultur kebaharian yang tinggi. Kondisi ini menyebabkan sektor kelautan dan perikanan merupakan salah satu sektor yang mempunyai peranan penting dalam pembangunan perekonomian dan kesejahteraan masyarakat di Kawasan Timur Indonesia.
Pendayagunaan potensi sumberdaya kelautan dan perikanan secara optimal dan berkelanjutan sangat ditentukan oleh ketersediaan sumberdaya manusia yang mampu menguasai, mengembangkan, dan menerapkan ilmu pengetahuan dan teknologi kelautan dan perikanan. Pengelolaan potensi kelautan dan perikanan memerlukan sumberdaya manusia berkualitas dari berbagai jenis keterampilan dan disiplin ilmu pengetahuan. Universitas Hasanuddin yang terletak pada sentra Kawasan Timur Indonesia tentunya mempunyai peran dan tanggung jawab sebagai lembaga pendidikan tinggi untuk menyiapkan sumberdaya manusia yang diperlukan, serta pengembangan penelitian IPTEK kelautan dan perikanan untuk kepentingan dunia usaha dan industri. Upaya Universitas Hasanuddin dalam mengembangkan pendidikan tinggi yang terkait dengan Kelautan pada dasarnya telah dilakukan sebelum pencanangan pola ilmiah pokok ilmu kelautan tahun 1975. Misalnya pembukaan Jurusan Perikanan di Fakultas Pertanian Unhas sejak tahun 1968, serta pembukaan jurusan-jurusan lainnya yang juga sebagian besar telah melakukan kajian-kajian tentang kelautan seperti perkapalan, biologi, fisika, geologi, kimia, kehutanan termasuk beberapa ilmu sosial seperti ekonomi, hukum, antropologi, dan sosiologi.
Kemudian pada tahun 1975 Universitas Hasanuddin menetapkan pengembangan Ilmu Kelautan sebagai Pola Ilmiah Pokok (PIP) secara resmi berdasarkan SK. Rektor No. 1149/UP UH/1975 tanggal 27 Desember 1975. Penetapan pola ilmiah pokok ini didasarkan atas analisis strategis, letak geografis, potensi sumberdaya alam laut, dan sosial budaya masyarakatnya yang terkenal sebagai masyarakat bahari. Pengembangan pola ilmiah pokok kelautan ini telah menjadi salah satu tujuan strategis dalam penyelenggaraan pendidikan tinggi di Universitas Hasanuddin, yang diharapkan akan memberi warna pada setiap tridarma perguruan tinggi baik dari segi pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat oleh semua program pendidikan di Universitas Hasanuddin.
Pada tahun 1988 mulai dibuka program studi baru yaitu Program Studi Ilmu Kelautan sebagai salah satu pelaksanaan tanggung jawab Unhas di bidang pendidikan untuk pengembangan pendidikan Ilmu Kelautan. Begitu pula pengembangan penelitian dan pengabdian masyarakat oleh setiap bidang ilmu yang dikembangkan di Unhas juga sebagian besar diarahkan terkait dengan kelautan. Kemudian pada tahun 1996 terbentuklah Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan berdasarkan surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 036/0/1996 tanggal 29 Januari 1996, yaitu integrasi Jurusan Ilmu Kelautan dan Jurusan Perikanan. Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan ini merupakan fakultas ke-12 (dua belas) yang dibentuk di Unhas. Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan diberi akronim FIKP oleh senat fakultas untuk dapat digunakan dalam penulisan singkatan nama fakultas.
Integrasi Jurusan Perikanan dan Jurusan Ilmu Kelautan dalam satu fakultas berdasarkan atas peraturan yang telah ada tentang pengelompokan bidang ilmu sesuai Surat Keputusan Menteri Depdikbud No. 0811/U/1994. Selain itu, juga berdasarkan atas dasar pertimbangan relevansi bidang ilmu, efektifitas penyelenggaraan pendidikan, serta efisiensi pelaksanaan pendidikan tinggi. Integrasi ini diatur lebih lanjut berdasarkan Surat Keputusan Direktur Pendidikan Tinggi No. 523/Dikti/Kep/1996 tanggal 4 Desember 1996, yang memuat tentang :
(1) pembentukan Jurusan Ilmu Kelautan pada Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan
(2) pemindahan Jurusan Perikanan dari Fakultas Peternakan dan Perikanan ke Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan (FIKP).Sampai pada tahun 2008, Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan (FIKP) mempunyai dua Jurusan yaitu (1) Jurusan Ilmu Kelautan dan (2) Jurusan Perikanan. Jurusan Ilmu Kelautan memiliki satu program studi yaitu program studi Ilmu Kelautan (IKL) yang didalamnya terdapat dua minat (Konsentrasi) yaitu:(1) Konsentrasi Eksplorasi Sumberdaya Hayati Laut (ESHL)(2) Konsentrasi Konservasi Sumberdaya Hayati Laut (KSHL)Sementara itu, Jurusan Perikanan mempunyai empat program studi yaitu:(1) Progran Studi Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP)(2) Program Studi Budidaya Perairan (BDP)(3) Program Studi Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan (PSP)(4) Program Studi Sosial Ekonomi Perikanan (SEP) Pembentukan Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan (FIKP) ini merupakan salah satu wujud bahwa Rektor Unhas Prof. Dr. Basri Hasanuddin, MA dalam periode jabatannya tetap konsisten terhadap pengembangan pola ilmiah pokok kelautan. Mulai dari pengembangan program pendidikan, penelitian, pengabdian masyarakat, dan kelembagaan. Pengembangan pendidikan kelautan dilaksanakan melalui penataan program studi Ilmu Kelautan dan kurikulumnya, pembentukan lembaga Jurusan Ilmu Kelautan, sampai pada pembentukan lembaga Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan (FIKP). Begitu pula rencana pembukaan program studi Teknologi Kelautan, serta pembukaan program pendidikan Kelautan pada Pasca Sarjana Unhas. Untuk memperluas program pemerataan pendidikan, maka pada tahun 1996 juga dibuka program Ekstensi Perikanan Program Studi Budidaya Perikanan di bawah koordinasi Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan yang perkuliahannya dilaksanakan di Kampus Baraya. Perhatian terhadap kelautan tidak terbatas pada program pendidikan saja, tetapi juga terhadap pengembangan penelitian dan pengabdian masyarakat. Sampai sekarang telah dihasilkan karya penelitian dan pengabdian masyarakat yang bercirikan kelautan dalam jumlah yang lebih besar tiap tahun. Bahkan upaya untuk menjadikan Universitas Hasanuddin sebagai Research University telah menyiapkan Gedung Riset Center serta sarana laboratoriumnya, hal ini dilaksanakan untuk lebih menjamin keberlanjutan pengembangan berbagai bidang iptek khususnya pengembangan pola ilmiah pokok kelautan Unhas. Sehingga pada suatu ketika Unhas akan menjadi salah satu pusat informasi Iptek di Indonesia khususnya dalam bidang kelautan.Sampai saat ini, Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan (FIKP) telah mengalami empat kali pergantian pimpinan fakultas. Staf yang pernah memimpin FIKP sampai saat ini ialah :
1. Ir. Arsyuddin Salam, M.Agr.Fish. (1996 – 1997)
2. Ir. Syamsu Alam Ali, M.S. (1997 - 2001)
3. Ir. Hamzah Sunusi, M.Sc (2001-2005)
4. Prof.Dr.Ir. Sudirman,M.P. (2005 - 2009)
5. Prof.Dr.Hj.Niartiningsih,MP (2009 - 2013)
